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湖南幸运赛车:圣裘德研究人員創建了一種分析工具 為癌癥發現開辟了新領域

湖南幸运赛车 www.crxpr.com 基因編碼區占人類基因組的2%。圣裘德兒童研究醫院的科學家們開發了一種計算工具,以識別驅動其余98%基因組中腫瘤形成的改變。該方法將有助于發現癌基因,并為患有癌癥的兒童和成人提供精確醫學方面的進展。

今天在《自然遺傳學》雜志上詳細介紹的這種方法稱為順式表達或順式X。研究人員開發了一種創新的分析方法,可在患者腫瘤的調節性非編碼DNA中鑒定出新的致病性變體和被此類變體激活的致癌基因。Cis-X通過鑒定腫瘤RNA的異常表達來發揮作用。研究人員分析了白血病和實體瘤,并證明了該方法的功效。

不編碼基因的非編碼DNA占人類基因組的98%。但是,越來越多的證據表明,超過80%的非編碼基因組具有功能并可能調節基因表達。人群研究已經確定了非編碼DNA變異與癌癥風險升高有關。但是,在腫瘤基因組中僅發現少量的非編碼變體,其有助于腫瘤的發生。要找到這些變異體,需要對大量腫瘤樣品進行全基因組測序分析。

“ Cis-X是現有方法的根本變化,現有方法需要數千個腫瘤樣本,并且只能識別經常發生的非編碼變異,”圣裘德計算生物學系主任張靜輝博士說。她和原作者是圣裘德的劉宇博士,現在是上海兒童醫學中心的博士學位。劉也是第一作者。

“通過利用異常的基因轉錄來揭示非編碼變體的功能,我們開發了cis-X,從而能夠發現在單個腫瘤基因組中驅動癌癥的非編碼變體。”“鑒定導致癌基因失調的變體可以將精密醫學的范圍擴大到非編碼區,以鑒定抑制腫瘤中異常激活的癌基因的治療選擇。”

靈感

Cis-X的靈感來自Dana-Farber癌癥研究所醫學博士Thomas Look于2014年發表的一篇科學論文。Look是當前論文的合著者。Look小組在細胞系中進行研究,鑒定出導致致癌基因(TAL1)異常激活的非編碼DNA變體,致癌基因導致T細胞急性淋巴細胞白血病(T-ALL)。該研究促使Zhang致力于研究基因每個副本表達變異的長期興趣。

Cis-X通過兩種方式搜索表達改變的基因而發揮作用。研究人員使用全基因組和RNA測序來發現僅在一條染色體上表達并異常高水平表達的基因。

劉說:“當分析等位基因之間的基因表達失衡時,可能會很吵。”“這項分析使用了新穎的數學模型,使cis-X成為發現的強大工具。”

然后,Cis-X通過尋找3D基因組架構內非編碼DNA調控區的改變來尋找異常表達的原因。劉說:“這種方法模仿了變異體在活細胞中的工作方式。”改變包括諸如染色體重排和點突變的改變。

張說:“很少有功能性非編碼變異在高復發時發生,但它們是腫瘤發生和發展的重要驅動力。”“如果不識別非編碼變異,我們可能無法完全了解導致癌癥的原因。”

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